前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世"无法向自己保持诚实的人，既无法与别人建立联系，也无法改变自己。"——石田三成，《银魂》。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
